Ein offizielles Datum, ab wann Moskau die Hauptstadt des russischen Reiches wurde, gibt es nicht. Allerdings könnte man dies am Jahre 1462 festmachen, in dem Iwan III. den Titel eines Großfürsten von Moskau erhielt. Dies markierte zunächst den Beginn der städtischen Autokratie. In der Folge brachte er die russischen Fürstentümer unter seine Herrschaft und erwarb weitere Gebiete nördlich, westlich und südlich der Stadt, womit er sein Gebiet bis zu seinem Tode im Jahre 1505 um das Vierfache vergrößerte.

Nach seiner Heirat mit Sofia Palaiologos im Jahre 1472, der Nichte des letzten byzantinischen Kaisers, krönte er sich 1478 selbst zum Zaren. Als Argument führte er an, dass der Patriarch von Konstantinopel die Krönungszeremonie nicht vollziehen könne, da er sich in türkischer Gefangenschaft befinden würde. So war das byzantinische Reich mit der Eroberung durch die Osmanen im Jahre 1453 untergegangen und die dortigen Herrscher entmachtet worden.

Durch die Erweiterung der Gebiete und die Tatsache, dass Iwan III. seinen Sitz in Moskau hatte, erlangte die Stadt eine überregionale Bedeutung, so dass sich immer mehr der Hauptstadttitel manifestierte. Seither war der Moskauer Kreml fast ununterbrochen der Sitz der russischen Monarchie und Regierung. Lediglich in der Zeit von 1712 bis 1918 war Sankt Petersburg mit diesem Titel bedacht, da Zar Peter der Große die neu entstandene Gemeinde zum Herrschaftssitz erwählte, was sie auch bis zum Ende der Oktoberrevolution blieb. Erst mit dem Ende der Zarenzeit und der Übernahme der Regierungsgeschäfte durch W. I. Lenin wurde verfügt, dass Moskau erneut als Hauptstadt des russischen Reiches fungieren sollte.